頂棚是潔凈車間的主要組成部分，一般來說，根據氣流組織、照明布置、送風部件的按裝形式和結構形式的不同而有多種做法。

帶有送風功能的頂棚（如垂直平行流和頂送側回亂流潔凈室）構造比較復雜。它要同時滿足氣流組織和照明的要求，因此潔凈車間要注意解決好送風系統與燈具的矛盾，并做好進風部位的密閉處理。潔凈車間送風系統一般由送風管道、送風靜壓箱、高效過濾器、支承靜壓箱和安裝高效過濾器的骨架、送風孔板或散流器等部件組成。

潔凈車間在頂棚采用散流器或局部孔板送風時，經常把照明燈具和送風口間隔布置在頂棚上。當頂棚需要滿頂送風時，往往與布置燈具發生矛盾。如在垂直平行流潔凈室中，為了保證潔凈車間較高的凈化效率，要求送風口面積達到頂棚面積的80％左右。有的設計把燈具做成燈帶，放在送風孔板之間。測試資料說明，這種燈帶的設置會明顯影響垂直氣流的組織，形成渦流區。其影響高度（從燈帶平面開始）一般為燈帶寬的4-5倍。無燈帶時，距過濾器底300毫米即可獲得均勻垂直氣流，而布置一個200毫米寬的燈帶，卻需要在1,000毫米處才可獲得均勻垂直氣流，這就大大限制了潔凈車間凈高的利用。

潔凈車間為了克服這一缺陷，有的設計將燈管明裝在送風孔板下面，它對氣流影響較小，頂棚構造也大為簡化，但室內觀瞻效果較差。在小面積潔凈車間中，可以在頂棚和墻面交接處沿墻面四周布置燈帶。為了解決在頂棚中合理布置燈具，又不影響氣流組織，工程設計中采用了穿孔有機玻璃發光頂棚的構造處理。即在水平滿布高效過濾器的頂棚中，把日光燈管安裝在高效過濾器之間，在距高效過濾器300毫來處布置一層有機玻璃細孔送風板，代替以往采用的金屬孔板。使整個頂棚既是發光面，又是送風面由于燈管安裝在送風孔板上面，燈管尺寸比燈帶寬度要小，又通過送風孔板的阻尼和均壓作用，因此對組織室內平行氣流影響很小。

高效過濾器在頂棚中通常有三種布置方式：（1）水平布置（2）側向布置（3）水平布置和側向布置相結合。高效過濾器固定在頂棚的網格狀骨架系統里時，為了滿足高效過濾器安裝部位縫隙的密閉處理，骨架一定要有足夠的剛度和平整度。高效過濾器的安裝形式也要便于更換和維修。

頂棚中的靜壓箱有整體式的，也有若干個箱體組合的。靜壓箱的重量是通過梁或骨架支撐在墻體上，也可直接擱置在墻體上。靜壓箱內表面要求不起塵、不積塵、不開裂。整體靜壓箱往往用于固定式潔凈室，其材料常與墻面相同，組合式靜壓箱在裝配式潔凈室采用較多，同樣也適用于固定式。目前常用內表面經烤漆或噴漆的薄鋼板制作。如果安裝高效過濾器的網狀骨架與靜壓箱組成整體結構時，靜壓箱也必須有足夠的剛度和平整度，以保證進風部位縫隙的密閉。頂棚骨架目前常用型鋼鍍、鍍鉻、烤漆或鋁型材等材料。沒有送風功能要求的頂棚構造比較簡單。頂棚的面層材料要求光潔、不積塵。通常采用塑料貼面板、五夾板油漆，薄鋼板噴漆等面層材料。潔凈度要求低的房間也可直接采用抹灰油漆頂棚。有的在潔凈室頂棚中采用雙層為半透明塑料薄膜作面層，把燈管吊在頂棚上面，使室內有發光頂棚之感，效果也很好。